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Il Museo civico ha elaborato un progetto per la costituzione di un catalogo informatizzato del bene culturale conforme agli standard dell'Istituto Centrale per il Catalogo e la Documentazione del Ministero per i Beni e le Attività Culturali. Un sistema di gestione del bene culturale finalizzato a coordinare diversi aspetti connessi alla tutela e valorizzazione del patrimonio del Museo civico; nella fattispecie i problemi legati alla conservazione, alla documentazione fotografica e alla circolazione delle opere d'arte. Un'accurata attività di schedatura, infatti, garantisce una completa e aggiornata base conoscitiva e quindi la possibilità di rendere le informazioni facilmente recuperabili e disponibili.

La costituzione di un sistema Informativo Comunale per i Beni culturali si è concretizzata sotto forma di convenzione tra l'Istituto Centrale per il Catalogo e la Documentazione e il Comune di Bolzano stipulata il 4 marzo 2005.
Il software di gestione delle schede di catalogo, fornito da Informatica Trentina, si chiama Mouseia ed è attualmente utilizzato da quasi tutti i Musei del Trentino e dalla Soprintendenza di Trento.

L'attività di catalogazione è iniziata nel corso del 2004 e si protrarrà per diversi anni.